سطح پایین C4 ممکن است به علت نقایص ارثی، نقایص اکتسابی یا به علت مصرف کمپلمان ( برای مثال در فرآیندهای التهابی و عفونی) باشد. عدم وجود C4 در حضور مقادیر C3 , C2 نرمال نشان دهنده نقص یا کمبود پروتئین C4 است. نقص مادرزادی (ارثی) قسمتی یا کل C4 و هاپلوتیت های C4 در ارتباط با بیماری های کمپلکس ایمنی، تیروئیدیت اتوایمیون و درماتومیوزیت جوانی مشاهده می شود. کاهش اکتسابی C4 در آنژیوادم ارثی و اکتسابی ، افزایش فعالیت کمپلمان مربوط به بیماری های کمپلکس ایمنی ، بیماری های کبدی و کاهش سنتز و افزایش مصرف در گلومرولونفریت حاد، لوپوس اریتروماتوز، آرتریت روماتوئید، آنمی همولیتیک اتوایمیون، کرایوگلوبولینمی ها، آندوکاردیت تحت حاد باکتریایی مشاهده می شود.