لیپوپروتئین ها بر اساس تفاوت در بار الکتریکی سطح خود، جدا می شوند. سرعت تجمع بستگی به محیط عمل دارد ( Paper یا ژل آگاروز، پلی اکریلامید یا نشاسته). 2 محیط آخر باعث تفکیک بر اثر اندازه می شوند. HDL ( آلفا- لیپوپروتئین) سریعتر به طرف آند حرکت می کند. در روش پلی اکریلامید یا نشاسته، LDL سریع تر یه طرف آند می رود و سپس VLDL.